Fach- und Arztinfo

Im Gendiagnostiklabor des FBREK-Zentrums wird die molekulargenetische Untersuchung folgender Gene angeboten:

Kerngene*:
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, PALB2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53

Wissenschaftliche und klinisch relevante Gene:
MLH1, MSH2, MSH6, PMS2

Basisdiagnostik

1. Multigenanalyse (Volltestung mit TruRisk®-Panel)
   Indikation: Vorliegen der Einschlusskriterien für eine Testung bei V. a. Familiären Brust- und Eierstockkrebs
   Material: 5-10 ml EDTA-Blut
   Methoden: DNA-Extraktion, Sequenzierung (TruRisk®-Panel-v2), Analyse von Copy Number Variations
   Dauer: 4-6 Wochen
2. Prädiktive Testung (gezielteTestung)
   Indikation: Vorliegen einer bekannten Klasse 4/Klasse 5 -Mutation in der Familie
   Material: 5 ml EDTA-Blut
   Methoden: DNA-Extraktion, Sanger-Sequenzierung, MLPA
   Dauer: 3-4 Wochen

* Auf Vorschlag des Deutschen Konsortiums Familiärer Brust- und Eierstockkrebs (http://www.konsortium-familiaerer-brustkrebs.de/), Stand 22.09.2022  

Qualitätssicherung

Klinisch relevante Genvarianten sowie Ergebnisse aus prädiktiven Untersuchungen werden routinemäßig mit einer zweiten, unabhängigen Blutprobe überprüft.

Akkreditierung

Das Gendiagnostiklabor ist  durch die Deutsche Akkreditierungsstelle GmbH (DAkkS) nach DIN EN ISO 15189:2014 akkreditiert. [Registrierungsnummer D-ML-13295-06-00] 

Recall-System

Das Expertengremium des Deutschen Konsortiums für Familiären Brust- und Eierstockkrebs (sog. VUS-Taskforce) führt regelmäßig eine Überprüfung der Bewertung von Sequenzvarianten durch. Änderungen in der Pathogenitätseinschätzung der Sequenzvarianten werden an die einzelnen Zentren weitergeleitet, sodass betroffene Familien informiert werden können (Recall).

Ansprechpartner: Dr. rer. nat. Eva Groß Tel (089) 4400 74775
Bereichsleitung Gendiagnostiklabor

Qualitätskriterien für die NGS-basierte Multigenanalyse

Für die Kerngene bieten wir folgende Qualitätskriterien

• Mittlere Sequenzierqualität (Q-Score) > 30 (dh. 99.9% Base Call Genauigkeit)
• Sequenziertiefe von mindestens 30 Sequenzen pro Base in den Zielregionen (Bereiche, die mit geringerer Tiefe abgedeckt sind, werden mittels Sanger-Sequenzierung überprüft)

Limitierungen

• Mittelgroße Deletionen oder Duplikationen können technisch bedingt nicht immer verlässlich erkannt werden
• Die Untersuchung von Genen mit bekannten Pseudogenen bzw. homologen Regionen ist aus technischen Gründen limitiert (z.B. CHEK2, PMS2)
• Mutationen in regulatorischen Bereichen oder epigenetische Veränderungen werden mit dem verwendeten Panel nicht erfasst

Variantenklassifizierung

Keimbahn-Sequenzvarianten werden nach den Bewertungskriterien des Deutschen Konsortiums für Familiären Brust- und Eierstockkrebs klassifiziert:

Wappenschmidt et al. Geburtsh Frauenheilk 2020; 80: 410–429

Weitere Informationen entnehmen sie bitte dem Primärprobenhandbuch [PDF].